昌吉回族自治州中医医院成立于1988年4月14日，它是在自治党委及政府的关怀和支持下，全部用地方财力建设起来的。它占地33858平方米，总建筑面积21738.9平方米，是以中医为主，西医、中西医结合三支力量齐备，集医疗、教学、科研、保健为一体的“三级甲等”中医医院，自治区小儿麻痹矫治手术、白内障复明、低视力复明定点医院，新疆医科大学实习医院。
医院有职能科室11个，临床科室8个，医技科室10个，设床220张，职工320人，专业技术人员占职工总数的84%，其中主任、副主任医师24名，主治（管）医、药、护、技师80名，年门诊量12万人次。
医院现有固定资产近2000万元，拥有日本岛津5000TX全身CT机，美国产电视腹腔镜、前列腺激光治疗仪、美国惠普HX彩色多普勒超声诊断仪、白内障超声乳化治疗仪、全自动生化分析仪、潘太克斯电子胃镜、FX心脏检测工作站、24小时全息动态心电图仪、动态血压监测仪、血液透析机、体外震波碎石机、高压氧舱等各类中高档医疗设备56台（件），为正确诊断和治疗创造了条件。
医院在建设和发展中以邓小平建设有中国特色社会主义理论为指导，坚持实事求是，一切从实际出发的原则，围绕中心、突出重点、兼顾全局，以基础设施、基本设备、基本功能建设为主，以提高医院技术水平为出发点，狠抓技术质量。医院立足三优服务，放眼三个第一（信誉第一、质量第一、服务第一），一手抓科学管理、一手抓人才设备，充分调动各方面积极因素，发挥“人才、设备、服务”功能，强化管理意识，加强医院的软硬件建设，建立健全全面质量管理的组织领导体系，将全面质量管理法的计划、实施、检查、总结用于医疗技术的管理，实现了病历书写规格化、辩证论治规范化、技术操作标准化和医疗指标数据化。完善和健全医院各项规章制度、操作规程、岗位责任制达298项。近年来，随着医疗业务的发展，医院内涵建设得到了加强，突出中医特色，加强专科建设，充分发挥中医、西医、中西医结合三支力量的作用，做到院有专科、科有专病、人有专长、病有专药。以重点科室为主体，先后成立了中风后遗症、糖尿病、肝炎、风湿病等专病小级和专科专病门诊25个，拓宽了服务领域，增强了适应社会和患者需求的能力。医院研制的益肝片、活血降脂冲剂、接骨片、功腰丸、愈疡片、喘贴灵等临床疗效显著，多次获得州、区及国家奖励。
