梧州作为岭南中草药的重要产地和汇聚地，有着深厚的中医文化和悠久的中医药应用历史。2000多年前，梧州已有中医中药。西医传入梧州之前，民众防病治病，全靠中医。在西医传入梧州之后相当长的一段时间内，中医仍是主要的医疗力量。至解放初期，据统计，梧州开业的中医有107人，是当时广西开业中医较多的城市，各科中医均为个体开业，他们或在药店坐堂，或走家串户登门治病，传习着梧州悠久的中医药治病传统。
解放后，在国家大规模创办和发展中医药诊疗和科研机构的政策鼓励下，1960年12月，经梧州市人民政府批准，梧州市中医院在阜民路4号以4间街道诊所、6个临床科室、70多职工的规模起步正式宣告成立，成为广西区内成立较早的中医院之一。传承了两广、桂东南名医的精湛医术，在60年代至80年代，梧州市中医院涌现出了区全生、黄海平、缪和兴、韦公仆、程少棠一批名闻两广地区的名老中医。他们各有专长，为民治病，深得群众信赖，医院亦以这批杏林名医为基础，继承和发扬中医优良传统的诊疗方法，先后设立中医内科、骨伤科、痔科、针灸科、草药科、蛇伤科等中医特色门诊，设立中医内外科病床和五个门诊部，为市民开堂诊病。
经过中医院人不懈的努力，医院建设不断步入正规化轨道：1988年10月医院经梧州市政府批准转为国有事业单位；1991年建筑面积约5400平方米的十层住院综合楼落成，业务范围不断扩大；2001年经评审批准为国家二级甲等中医医院；2007年2月经国家中医药管理局批准为三级中医医院；2008年10月通过高等医学院A级教学基地评审；2009年2月被广西壮族自治区卫生厅批准为广西中医学院第六附属医院，每一个具有里程碑意义的事件都记录了医院坚实的发展脚步。
