亳州市妇幼保健院源于2012年10月成立的亳州市妇幼保健所，2016年1月更名为亳州市妇幼保健计划生育服务中心，2019年7月加挂亳州市妇幼保健院牌子，是一所集医疗、预防、保健、康复、教学、科研为一体的妇幼保健院。
医院位于亳州市高新技术开发区香蒲路与老君大道交叉口，占地20000平方米，总建筑面积30131平方米，设置床位300张。根据国家妇幼健康机构业务科室设置指南精神，医院设“四大部”（孕产保健部、儿童保健部、妇女保健部、计划生育技术服务部），设产科、妇科、儿科、新生儿科、家庭化产房、情景训练中心、水疗中心、儿童心理、儿童营养、身高促进、视训中心、口腔保健、盆底筛查与治疗、孕期心理、孕期营养、乳腺筛查与治疗、中医催乳、熏蒸、婚检、遗传咨询、计划生育新筛、产筛、听筛等业务科室100多个。配有钨靶机、双板DR、腹腔镜、四维彩超等医疗设备600余台（件）。
医院坚持以人才强院为基本发展战略。2020年，先后共派出30余名专业技术人员前往安徽医科大学第二附属医院、马鞍山市妇幼保健院等省内知名医院进修专科业务，并与安徽医科大学第二附属医院、亳州市人民医院建立专科合作关系，全面保障亳州市及周边地市妇女儿童的健康需求。
医院作为全市唯一一家市级妇幼健康服务机构，除本院医疗保健业务外，还承担着全市妇幼健康业务指导职能，负责全市妇幼基本公共卫生服务（孕产妇健康管理、0-6岁儿童健康管理、新生儿疾病筛查）、重大公共卫生服务（免费婚前医学检查、叶酸增补和乙肝、梅毒、艾滋病母婴阻断、两癌筛查）、国家免费孕前优生健康检查、妇幼卫生监测、《出生医学证明》签发管理、妇幼健康教育的业务指导。
新时代开启新征程，新时代呼唤新作为。当前，发展中的亳州市妇幼保健院在党组织的带领下，明确高水平医院的目标定位，坚持妇幼保健与临床相结合的发展方向，突显保障母婴安康、提高出生人口素质的宗旨，固本强基，求实创新，科学发展，努力构建皖北一流的服务型、创新型妇幼保健服务体系，力争三年内成功创建三级妇幼保健院，推动亳州市妇幼保健事业更上新台阶。
