医院前身为“济宁市任城区中医院”，2011年9月由济宁市卫生局批准更名为“济宁市中西医结合医院”。目前已发展为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的三级中西医结合医院，综合实力在济宁地区所有同级别中医院名列前茅。
医院现有临床、医技科室38个，住院病区20个。开放床位800张，2019年门诊量28.4万余人次，出院1.3万余人次，开展各级各类手术共计5700余台次。医院现有职工612人，其中正高级职称5人，副高级职称37人，中级职称175人，研究生学历66人，本科以上学历占95%。学科实力雄厚，其中脑病科为“国家级农村医疗机构中医特色专科”“山东省十三五中医药重点专科建设单位”，针灸科为“山东省重点中医特色专科”，肛肠科、康复科为“济宁市十二五中医药重点专科”，护理为“济宁市第五批中医药重点专科建设单位”。心病科、急诊科为“济宁市临床重点专科建设单位”。
医院设备先进，拥有320排高端螺旋CT、64排高端螺旋CT、1.5T磁共振成像系统、超高清电子胃肠镜、平板数字胃肠机、无线双板DR、移动DR、全数字化通用型平板血管造影系统、高端彩超、全自动生化分析仪、全自动血液分析仪、奥林巴斯电子胃镜、椎间孔镜、直肠镜、奥林巴斯腹腔镜、奥林巴斯宫腔镜、碎石机、外二科进口内镜、血液透析机、疼痛科小C以及多种先进的临床检验设备等。
医院高度重视中医事业发展，2008年成立国医堂，并拥有两个“山东省名中医药专家传承工作室”，1人参加了“第一批山东省高层次优秀中医临床人才”培训，10人参加了“山东省五级师承教育”，数十名中医骨干参加了“山东省中医临床骨干医师培训”，经过多年发展，中医妇科、不孕不育、脾胃病等已形成品牌科室。
目前医院承担了山东中医药大学、济宁医学院、菏泽医专、曲阜中医药学校等单位的临床教学任务，同时为山东中医药大学在职研究生教学点，2016年接受实习生达120余名。2017年7月正式挂牌“济宁医学院实践教学医院”，近20位临床医师被聘为“济宁医学院兼职教授、副教授及教师”。
医院连续18年被评为市级精神文明单位，2002年被山东省人事厅、卫生厅评为“全省中医工作先进集体”、多次被济宁市卫生计生委评为“中医工作先进集体”“全市医疗工作先进单位” 等荣誉称号。目前医院是济宁市中医药学会“中风病专业委员会”和“疼痛专业委员会”的主任委员单位，显示了医院在学科建设及学术成就方面的先进地位。
2020年11月，济宁市中西医结合医院新院区正式启用，新院区按照三级甲等中西医结合医院标准建设，包括门诊楼3层、病房楼16层，可容纳病床800张； 医院秉承“传承、务实、创新、进取、融合”的院训，以“中医立院、特色强院、人才兴院、改革活院“的办院方针，济宁市中西医结合医院正在向全市百姓放心满意的现代化一流中西医结合医院不断迈进。
