南方科技大学医院是南山区政府投资、南方科技大学运营管理的集医疗、教学、科研、健康促进、人才培养和国际交流为一体的三级综合性公立医院。
2017年12月28日，南山区政府与南方科技大学签署合作共建医院协议，为国内独特的政府主导、大学托管、管办分开、理事会制、法人治理的现代医院运营管理新模式。2019年11月，医院晋升为三级综合医院。医院占地面积2.66万平方米，一期建筑面积近10万平方米，可展开病床800张；已启动二期工程建设，未来五年内，将达到总建筑面积22万平方米、1500张床位规模。2019年12月28日，医院全面建设启动。2020年12月，在政校合作建院三周年之际，医院揭牌“南方科技大学第三附属医院”。创新提出“3P3S”理念（即Preventive预防性、Proactive主动性、Precise精确性、Systemati系统化、Standardized标准化、Scientific科学化），打造以“理念文化创新、管理机制创新、机构设置创新、绩效管理创新、技术建设创新”为核心的南科医模式。
医院拥有MRI、磁波刀、256排螺旋CT、DSA一体化导管室、双板DR、四维专科高端及全身彩超、全自动生化与血液流水线等大型医疗设备高精尖医疗设备；设有具有国际先进水平的职能数字化手术室、复合手术室、高级模拟人中心、PIVAS智能化系统等职能数字化设施，为患者优质服务提供支撑。
开设临床学科36个、医技学科14个。医院设有具有国际前沿、国内领先水平的“南方科技大学粤港澳智能与数字外科创新中心”，致力打通智能与数字外科高精尖技术通向临床应用“最后一公里”的路径问题。在全国率先示范、全职引进国际顶尖医疗团队，组建成“国际骨科部(IOC)”，为深圳市、大湾区、乃至东南亚地区民众提供国际最先进的医疗服务。医院骨科医学部成功开展全球首例混合现实（MR）导航脊柱外科手术、全国首例O形臂辅助天玑机器人脊柱手术等前沿技术。医院静配中心为深圳首家通过广东省PIVAS验收的医院，并成为广东省首批、深圳首家静配药师培训基地。国内创新设置病人关爱部，探索“患者第一”的医疗理念、服务模式与医患体系，优化患者就医体验，为患者提供全程、全方位的人文关爱服务。
医院编制床位数586张，已开放床位577张，职工1094人，具有硕士、博士学历226人，卫生专业技术高级职称190人，中级职称345人。医院大力引进高水平人才，引进博士38人，硕士99人；引进学科带头人39人，其中一半以上具有国外研修经历，1/3来自复旦医院排行榜前50名的医院；国家级、省级主委、副主委10人，国家级有突出贡献专家1人，享受国务院政府特殊津贴3人，深圳市高层次人才2人，博、硕导师23人，教授14人，副教授8人。医院年门急诊人数64.8万人次，年出院病人1.6万人次，年手术量1.3万台次。
