莆田市儿童医院是莆田市唯一的一家儿童专科医院，设备齐全，技术力量雄厚，是福建省儿童救护中心莆田市分中心，2013年12月与莆田市妇幼保健院、圣路加妇产医院共同成立为莆田市妇女儿童医疗保健管理中心。现开设有急诊科、小儿神经康复科、儿内一科、儿内二科、PICU、新生儿科/NICU、小儿外科、手术室、麻醉科、儿童眼科、儿童耳鼻喉科、儿童口腔科、皮肤科等临床科室，担负着全市儿童医疗、保健、急救、科研、教学等工作。
莆田市儿童医院现编制床位230床，开放床位280床，现有医护人员266人，其中主任医师11人，副主任6人；护理人员191人 ，主任护师1人，副主任护师8人。整个医疗及护理水平在我市处于领先地位。每年门急诊约45万人次，平均每日门急诊量约1200人次，每年住院约1.4万人次，门诊人均费用约100元，住院人均费用约3700元，药品比例约21%左右，医疗费用、药品比例均低于市卫计委设定标准，深受我市人民的表扬及信赖。
莆田市儿童医院设备齐全，床边X光机（1台）；空气-氧气混合仪吸氧设备（10台）；持续正压通气（CPAP）无创呼吸机（6台）；机械呼吸机（8台）；血气分析仪（1台）；多功能生理监护仪（38台）；便携式监护仪（11台）；氧浓度检测仪（1台）；无创双相正压给氧仪（4台）；床边心电图机（1台）；经皮黄疸测定仪（2台）；微量血糖仪（8台）；喉镜（2套）；婴儿保暖箱（36台）；辐射抢救台（9台）；蓝光治疗仪（27台）；负压吸引器（30台）；心肺复苏抢救装备车（3套）；复苏气囊（20只）；复苏呼吸气囊（16套）；除颤仪（4台）；T-组合复苏器（2台）；微量输液泵及注射泵（85台）；转运车（2辆）；输液加温设备（8台）。
我院急诊科按照三级医院标准配备专科设备和人员，现我院正进行急重症一体化管理，旨在综合急诊科与重症监护室的医疗资源，提高急诊科医护人员的技术水平，从而提高急危重病人抢救成功率。
我院儿童重症医学科是省内较早、市内首家系统开展儿童危重急症抢救与治疗的单位，是我院重点建设学科，重点开展各种儿童危重急症及疑难杂病的诊治，包括各型呼吸机应用、有创血压监测、中心静脉压监测、胸腔闭式引流、静脉营养等，在相关科室配合下开展床边纤维支气管镜、床边血液透析、安装心脏起博器、锥颅血肿引流等技术。同时肩负着医疗、教学、科研等任务。抢救成功率96-98%。
我院儿内一科、儿内二科是集医疗、教学及科研于一体的科室之一。擅长儿科常见病、多发病及疑难杂症的诊治，尤其是对小儿肺炎、支气管哮喘、慢性咳嗽、小儿肾脏疾病、小儿心血管疾病、小儿腹泻病、胃炎、消化性溃疡、口腔感染、EB病毒感染等疾病的诊治取得了显著的疗效；对于儿科少见病如川畸病、过敏性紫癜、风湿热及寄生虫疾病亦有丰富的临床经验。
我院新生儿科/NICU危重症整体救护水平在市内最强。危重新生儿抢救成功率95%以上。呼吸支持技术契合目前国内外先进的“肺、脑保护性通气策略”以及“同步、无创、早拔管”的新趋势。自成立NICU以来，已成功救治重度新生儿呼吸窘迫综合征、极低、超低（900克）出生体重儿、新生儿窒息复苏、缺氧缺血性脑病、新生儿脓毒血症、休克 、败血症、脑膜炎、坏死性小肠结肠炎、新生儿肺出血、持续性肺动脉高压等重症病例。在市内最早成熟开展早产儿静脉营养支持治疗技术，极低出生体重早产儿治疗成功率在本地区处于领先水平。
我院神经康复科是省内较早、市内首家系统开展小儿神经康复治疗的单位，是我院重点建设学科，重点开展各种脑损伤的早期评估和干预、小儿脑瘫早期诊断、康复训练治疗，在神经内分泌疾病、遗传代谢病、脑白质营养不良、神经变性病、脑血管病、神经肌肉病等也积累了一定的诊治经验。
科研成果：自制简易鼻塞式持续气道正压通气治疗新生儿肺炎并呼吸衰竭；普米克及博利康尼氧驱动雾化治疗儿童哮喘急性发作；超早期干预在新生儿缺氧缺血性脑预后影响的研究；早期干预对脑瘫高危儿预后影响的研究；新生儿高胆红素血症与婴儿听力、智力远期影响；危重早产儿静脉营养支持疗法应用研究；rhEPO联合神经节苷酯GM1治疗中重度新生儿缺氧缺血性脑病1年神经结局的研究；早期不同语种家庭语训对自闭症儿童语言发展影响的研究；经鼻N-SIMV叠加PSV在新生儿呼吸窘迫综合征的临床应用研究；早期应用重组人促红细胞生成素对降低早产儿脑病发生率的有效性研究；早期输注大剂量氨基酸对改善早产儿氮平衡的有效性研究；早产儿早期输注不同剂量氨基酸氮的对照研究；莆田市极低出生体重早产儿早期救护水平与存活情况的调查研究。
